История Макона уходит корнями к началу нашей эры, когда кельты основали на этом месте так называемый oppidum и речной порт, приблизительно в первом веке до н.э. Известный тогда под названием Матиско (Matisco), город значительно развился во времена Римской империи. Это демонстрирует большой римский клад, известный как Сокровище Макона, которое было обнаружено в городе в 1764 году и остатки которого находятся в Британском музее. В течение 4-го века город был укреплен, превратившись в крепость.
Макон в средневековье
В средние века Макон был административным центром графства, принадлежавшего герцогству Бургундии, на краю моста через Сону, ведущей к территории Бресс, принадлежащей герцогству Савойи. Город контролировал доступ к современной долине Ламартиниен (Val Lamartinien), где южная оконечность Côte de Bourgogne граничит с первыми предгорьями холмов Божоле, открывая путь к богатым равнинам Луары.
Макон и французская корона
3 июня 1564 г. Карл IX из Шалона остановился в городе во время своего королевского путешествия по Франции (1564–1566 гг.) В сопровождении двора и знати его королевства, включая его брата герцога Анжу, Генриха Наваррского, кардиналы Бурбона и Лотарингии. Город построен стратегически: это был возможный вход в королевство для швейцарских или немецких наемников во время французских религиозных войн. Его приветствовала королева Наварры Жанна III, по прозвищу «Королева протестантов», и 1500 гугенотов.
Макон в период Роеволюции
21 октября 1790 года у матриарха из видной местной семьи родился сын, который остается весьма заметным в своем родном городе, поэта-романтик и историк Альфонс де Ламартин.
В 1790 году Революционное правительство назначило Макон столицей (chef-lieu) Saône-et-Loire, недавно созданного департамента после радикальной перестройки национальной администрации.
В 1814 году город был захвачен австрийскими войсками, а затем дважды освобожден французскими войсками, прежде чем быть окончательно оккупированным до падения Империи. После возвращения Наполеона и последующих 100 дней австрийцы снова захватили Макон и окрестности, регион Mâconnais.
Макон и Вторая мировая война
Во время Второй мировой войны Макон был самым северным городом в свободном пространстве между Парижем и Лионом. Город был освобожден 4 сентября 1944 года в рамках операции «Драгун» войсками, которые высадились в Провансе.